建國之前南京大學(xué)要強于中山大學(xué)這一點絕對沒有爭議，畢竟南京大學(xué)相當(dāng)于現(xiàn)在北大清華，而中山大學(xué)雖然也屬于頂級高校，但畢竟距離當(dāng)時的首都太遠(yuǎn)，相對來講遠(yuǎn)水解不了近渴。建國之后，兩所學(xué)校都遭到了拆分，都變成了文理綜合性高校之一，但是南京大學(xué)依舊要比中山大學(xué)稍強一些，畢竟南大的底蘊雄厚，破船還要三千釘，咋也是大戶出身。

中山大學(xué)和南京大學(xué)在后期發(fā)展中，相對中山大學(xué)要慢一些。改革開放之前廣東省相對更容易受威脅，尤其是來自海洋方面的威脅，因此中山大學(xué)發(fā)展顧慮很多，需要謹(jǐn)慎在謹(jǐn)慎。而南京大學(xué)則位于中國復(fù)地，相對就沒有這些限制，雖然辦學(xué)過程中也有波折，但是總體依舊相好?；謴?fù)高考之后，兩所學(xué)校都有了長足的發(fā)展，但是八十年的南京大學(xué)占據(jù)這理論前言，相對更受重視，影響力也要更大一些。

南京大學(xué)和中山大學(xué)從各自“品牌”來看，其實幾乎沒有任何差距，兩家在上個世紀(jì)五十年代末就被評為全國重點大學(xué)了，這之后的任何一次重點大學(xué)評估，兩所高?；緦儆谕娇缛耄瑳]有太大的區(qū)別。唯一不同的地方在于中山大學(xué)合并了原中山醫(yī)科大學(xué)，而南京大學(xué)始終走獨立自主的路線，堅持不合并高校，始終在其主要教研方向發(fā)展，總體實力依舊得以提升。

總體來看，南京大學(xué)的綜合實力略微強于中山大學(xué)一些。中山大學(xué)在醫(yī)學(xué)領(lǐng)域要完勝南京大學(xué)，這一點毋庸置疑，畢竟原中山醫(yī)科大學(xué)也是“四大區(qū)”級別的醫(yī)科大學(xué)，實力絕不一般。但是南京大學(xué)涉獵的學(xué)科更多，學(xué)校規(guī)模也要更大，學(xué)科的完整性和配套教研方面要確實比中山大學(xué)更進(jìn)一步，這一點還是沒有太大爭議的。不過中山大學(xué)的商科也要比南京大學(xué)強一些。